المَجْمع المقدس هو الهيئة العليا داخل للكنيسة القبطية الأرثوذكسية ويرأسه البابا تواضروس الثاني بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية. ويجتمع مرة كل سنة لمدة أسبوع على الاقل من أجل مناقشة الأوضاع التشريعية والكهنوتية واللاهوتية والرعويه ويضم 6 لجان أو يزيد. والمجمع المقدس يرأسه البابا ويضم مطارنة وأساقفة الكنيسة ورؤساء الأديرة، ووكيلي البطريركية للإسكندرية والقاهرة. للمجمع المقدس ثلاث سلطات أساسية السلطة الكهنوتية والرعوية العليا لكل أتباع الكنيسة وتشمل سلطته الإكليروس وكل الشعب، والسلطة التشريعية العليا في الكنيسة وهى أن تسن قوانين الكنيسة مما يتفق مع الاحتياجات الجديدة لها وهو المسئول الأعلى عن الإيمان والعقيدة والطقس وله أن يفسر قواعد الإيمان بما لا يتعارض مع التسليم الكنسي الثابت فهو المرجع الأول في العقيدة والطقوس الكنسية. وعدد الأعضاء غير ثابت، وبه 128 عضو حالياً. وعضوية المجمع دائمة لمن هم في درجة الأسقفية بشخصهم ولوكيلي البطريركية بصفتهم و لا يحق للنساء من رئيسات الأديرة عضوية المجمع المقدس لأنهن لا يتولين سلطة الكهنوت وفقا لعقيدة الكنيسة. وأشهر المواقف التي تدخل فيها المجمع المقدس للكنيسة هو قرار منع الأقباط من زيارة القدس في عصر البابا شنودة . و أشهر المواقف التي تدخل فيها المجمع حديثا إقراره وموافقته على قانون بناء وترميم الكنائس أثناء مشاورات كتابته مع أجهزة الدولة.