كما تسبب سد “النهضة الإثيوبي” في حدوث خلاف كبير بين حكومة مصر وحكومة السودان، حيث اتخذت كلاً من الحكومتين موقف غير موحد من السد، حيث أن السودان تدعم إثيوبيا في أن سد النهضة ليس له أي أضرار أو مخاطر على الدول المجاورة

وقد اتهمت الحكومة السودانية الحكومة المصرية، بأنها تقوم بحماية قيادات المعارضة السودانية، وتسمح لهم بالبقاء على أراضيها، حيث نشرت الصحف السودانية تقارير تكشف عن أسماء الشخصيات القيادية بجبهات المعارضة السودانية، ومن بينها “حركة العدل والمساواة” التي تقيم في القاهرة.

كما اتهمت الحكومة المصرية الحكومة السودانية بأنها تدعم عناصر من جماعة الأخوان المسلمين الهاربين إلي السودان، حيث يبلغ عددهم نحو 400 عنصر، ولكن أكد الرئيس السوداني في العديد من التصريحات، أن بلاده ليست مأوى لأي جماعات الإرهابية.